Tout savoir sur le microbiote intestinal

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Nous sommes tous colonisés par des milliards de micro-organismes. Présents à l’intérieur et à l’extérieur de notre corps, ces bactéries, virus, parasites et champignons forment ce que l’on appelait avant la flore, et aujourd’hui le microbiote. Si l’on retrouve ces micro-organismes sur la peau, dans le vagin, les poumons, le nez ou la bouche, la majorité se trouve dans notre intestin. C’est le microbiote intestinal.

Des milliards de micro-organismes, dans l’intestin grêle et le colon

Composé de plusieurs milliers de milliards de bactéries (ce qui équivaut au nombre de cellules qui composent notre corps), le microbiote intestinal pèse environ 2 kg. Chez une personne en bonne santé, il peut abriter jusqu’à 160 espèces différentes (il en existe au total un millier). Il est situé sur le mucus intestinal, qui recouvre la paroi intérieure du tube digestif (principalement dans l’intestin grêle et le colon).

Si un tiers du microbiote est commun à tous les êtres humains, les deux tiers restants varient selon chaque personne. Chacun possède ainsi un microbiote unique (spécifique en quantité et en qualité), constitué selon différents facteurs depuis sa naissance (patrimoine génétique, habitudes alimentaires, mode de vie, environnement, niveau d’hygiène…).

Une formation progressive, dès la naissance

Lorsque le fœtus est dans le ventre de sa mère, il est stérile. Ce n’est qu’au moment de la naissance (par voie naturelle) qu’il est colonisé par des milliards de bactéries. Provenant de la flore vaginale et fécale de sa mère, ces bactéries viennent s’installer sur sa peau, dans sa bouche et son nez, dans ses poumons et ses intestins… Si le nourrisson est nourri au sein, il ingère également certains micro-organismes de la peau de sa mère, et certaines bactéries probiotiques contenues dans son lait.

Cet écosystème continue ensuite à se constituer pendant ses deux à trois premières années de vie. Allié indispensable de l’organisme, le microbiote se forme notamment en fonction de ce que l’on ingère. C’est pourquoi il est si important d’adopter une alimentation saine, variée et équilibrée, riche en fibres alimentaires. Si l’équilibre du microbiote est perturbé (avec une altération de sa quantité ou de ses fonctions), on parle de dysbiose. Même s’il peut être influencé par une mauvaise alimentation ou par la prise de certains médicaments, le microbiote reste en général relativement stable à l’âge adulte.

Quel est son rôle ?

Fermentation des résidus alimentaires, assimilation des nutriments, absorption des acides gras, du calcium et du magnésium, synthèse des vitamines… Ces milliards de bactéries permettent d’abord de terminer la digestion de certains aliments, initiée plus en amont dans le tube digestif. Mais c’est loin d’être leur seule fonction ! Depuis un peu plus de dix ans, les études scientifiques consacrées au microbiote se sont multipliées. On connaît aujourd’hui les liens entre microbiote intestinal et mécanismes immunitaires, et on comprend mieux son impact général sur notre santé.

Un rôle primordial dans le système immunitaire

Contrairement à ce que l’on a longtemps cru, l’intestin n’est pas un organe uniquement dédié au transit des aliments. Abritant 80 % des cellules immunitaires de l’organisme, il l’aide également à se défendre contre les agressions extérieures. Et pour bien fonctionner, le système immunitaire intestinal collabore étroitement avec le microbiote. Il existe d’ailleurs un lien entre la perte de diversité dans le microbiote intestinal et la survenue de certaines maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique…).

Grâce à un mécanisme spécifique (rôle barrière), les cellules qui tapissent l’intestin empêchent par exemple les mauvaises bactéries de coloniser l’intestin. Le système immunitaire favorise aussi la production d’anticorps et de lymphocytes, pour se défendre contre les germes pathogènes. Une étude a également montré comment le microbiote pouvait bloquer les mécanismes allergiques, et favoriser la tolérance à de nombreux allergènes, y compris alimentaires.

Quels liens avec le cerveau ?

On lit souvent que l’intestin serait notre second cerveau. Mais cela ne signifie pas que les deux organes sont à mettre sur le même plan ! Le cerveau est en effet constitué de 80 à 100 milliards de neurones interconnectés, alors que la paroi intestinale n’en contient que 200 millions environ.

Néanmoins, il existe bel et bien une relation entre le cerveau, les intestins et le microbiote intestinal (axe intestin-cerveau). L’intestin reçoit régulièrement plusieurs types d’informations (faim, émotions, fatigue…) : après les avoir traitées, il envoie des « réponses » adaptées (tout comme le cerveau). Ces réponses sont transmises par voie nerveuse, mais aussi par voie sanguine (avec la production d’hormones, par exemple).

Outre son implication dans la régulation du comportement alimentaire, des études récentes indiquent aussi que le microbiote pourrait jouer un rôle dans la régulation de l’humeur et de la réponse au stress.

Prendre soin de son microbiote, pour rester en bonne santé

Si le microbiote est déséquilibré, cela peut avoir des impacts sur notre santé. Or, sa composition évolue tout au long de notre vie, selon l’environnement dans lequel nous vivons, notre alimentation et les médicaments que nous prenons.

Maux de ventre, ballonnements, constipation, diarrhées… Certains symptômes doivent vous alerter sur la qualité et la composition de votre microbiote intestinal. Sans gravité, le syndrome de l’intestin irritable est néanmoins responsable d’une gêne parfois importante. Si ses déclencheurs sont multiples et restent encore mal connus, un déséquilibre du microbiote (dysbiose) pourrait être en cause. Selon de récentes étendues, il pourrait aussi exister un lien entre un déséquilibre du microbiote intestinal et la sévérité des symptômes des maladies de Parkinson et d’Alzheimer. Le microbiote pourrait également avoir une influence sur de nombreuses maladies neuropsychiatriques (schizophrénie, autisme, bipolarité, dépression…) et sur certains cancers. Il pourrait enfin être à l’origine de certains dérèglements métaboliques (comme le surpoids et l’obésité).

Prendre des antibiotiques perturbe aussi la composition et l’efficacité du microbiote. En effet, s’ils permettent d'éliminer les mauvaises bactéries, les traitements antibiotiques tuent également les bonnes. Et plus ils sont longs et répétés, plus le microbiote est perturbé. Pour en prendre soin, il faut donc éviter de prendre des antibiotiques de manière systématique. Il faut aussi éviter de donner des antibiotiques aux tout-petits pendant la diversification alimentaire : cela risquerait en effet de perturber durablement leur équilibre intestinal. Et n’oubliez pas que, de manière générale, 70 % des médicaments entraînent une modification temporaire du microbiote.

Comment le préserver ?

Après une gastro-entérite, un traitement antibiotique, ou un régime alimentaire pauvre en fruits et légumes, le microbiote peut être très déséquilibré. Alors comment le préserver ?

Adopter une alimentation variée et équilibrée

En cas de troubles, il est d’abord conseillé de limiter votre consommation d’aliments riches en fibres insolubles. Certains aliments sont aussi plus efficaces pour préserver le microbiote : les légumes crucifères (brocoli, chou, cresson…) ou de couleur verte (haricots verts, épinards, courgettes, poireaux…), et les aliments riches en inuline (ail, oignon, échalote)… Trop riches en sucres ou en graisses saturées, les aliments transformés entraînent en revanche une baisse de la diversité bactérienne.

De manière générale, pour entretenir votre microbiote, vous épargner des problèmes de transit et renforcer vos défenses immunitaires, il est recommandé de consommer des aliments riches en fibres. Aussi connues sous le nom de « prébiotiques », les fibres solubles nourrissent les bonnes bactéries de la flore intestinale. Tous les fruits et les légumes en contiennent, de même que les légumineuses (lentilles, haricots secs…), les céréales complètes, les fruits à coque (amandes, noix…) et les fruits secs. Les fibres pouvant provoquer des ballonnements, privilégiez les fruits et les légumes cuits. Très fermentescibles, certains aliments prébiotiques sont particulièrement difficiles à digérer : vous pouvez alors opter pour des prébiotiques sous forme de compléments alimentaires. Pour en savoir plus, demandez conseil à votre pharmacien.

Restaurer la flore intestinale

Après une naissance par voie basse, le microbiote intestinal du nouveau-né se rapproche du microbiote du vagin de la mère, ce qui favorise un bon équilibre futur de sa flore intestinale. S’il est né par césarienne, son microbiote se rapproche de celui de la peau de sa mère : cela peut alors créer des dysbioses (des déséquilibres bactériens de la flore). En cas de naissance par césarienne, il est possible de badigeonner la peau du nouveau-né avec du liquide vaginal de sa mère, et conseillé d’opter pour un allaitement maternel.

Micro-organismes vivants, les probiotiques sont de bonnes bactéries, qui participent à la digestion et jouent un rôle dans l’absorption des nutriments. Ils préviennent aussi les ballonnements, les flatulences et la constipation, et renforcent les défenses immunitaires. Les plus connus sont la levure de bière et les ferments lactiques que l’on trouve dans les yaourts. Si on peut aussi en trouver dans certains aliments fermentés (kéfir, miso) et dans la choucroute, de nombreux compléments alimentaires sont disponibles en pharmacie. Ils sont majoritairement composés de bactéries de la famille des Lactobacillus ou des Bifidobacteria, et contiennent le plus souvent deux ou trois souches, chacune ayant une action ciblée. Pour en savoir plus, demandez toujours conseil à votre pharmacien.

Sources :

https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/

https://www.frm.org/recherches-autres-maladies/microbiote-intestinal