Qu’est-ce que la flore intestinale ?

Aussi connue sous le terme de microbiote intestinal, la flore intestinale fait partie des microbiotes les plus importants de l’organisme. Elle représente les 2 kg (environ) de micro-organismes qui vivent dans les intestins, en symbiose avec le corps humain.

Un microbiote unique, propre à chacun

Uniques en tant qu’êtres vivants, nous sommes néanmoins habités par une incroyable diversité. Dans nos intestins, vivent par exemple plus de micro-organismes que nous n’avons de cellules dans le corps ! Notre flore intestinale (ou microbiote) est en effet constituée de plusieurs milliers de milliards de bactéries, virus, parasites et champignons…

Ces agents non pathogènes vivent principalement dans notre tube digestif, plus précisément sur le mucus intestinal qui recouvre la paroi intérieure de l’intestin grêle et du colon. D’autres parties de notre corps sont également colonisées par des micro-organismes avec lesquels nous vivons en harmonie : notre bouche, notre peau… ou encore nos poumons (les chercheurs soupçonnent par ailleurs un lien entre le microbiote pulmonaire et l’asthme).

Tout se jouerait avant 2 ans…

Constituée naturellement dès la naissance, la flore intestinale est propre à chaque individu. Elle provient d’abord du microbiote vaginal et fécal de la mère qui accouche par voie basse : les bactéries s’installent sur la peau du nouveau-né, dans son nez et sa bouche, ses poumons et ses intestins… S’il est nourri au sein, le nourrisson ingère ensuite certains micro-organismes de la peau de sa mère (ainsi que certaines bactéries probiotiques du lait maternel).

Cet écosystème continue ensuite à se constituer, pendant les 2 à 3 premières années de vie de l’enfant. Il se forme et évolue en fonction de plusieurs éléments (environnement et hygiène, alimentation, patrimoine génétique, prise de certains médicaments…). Après l’âge de 2 ans, la composition du microbiote reste relativement stable (même si certains facteurs peuvent encore l’influencer, comme la prise d’antibiotiques par exemple).

Chez un adulte en bonne santé, le microbiote intestinal peut contenir jusqu’à 160 espèces différentes, qui varient d’une personne à l’autre (il existe au total un millier d’espèces).

Quelles sont les fonctions du microbiote intestinal ?

Cette multitude de micro-organismes trouve dans nos intestins un milieu accueillant, facile à coloniser : la température est idéale, le degré d’humidité parfaitement adapté, et la nourriture arrive en permanence… Mais en échange, certaines de ces bactéries rendent des services bien utiles à l’organisme. Transit, digestion et immunité… Les rôles de la flore intestinale sont nombreux.

Le microbiote intestinal agit à plusieurs niveaux :

• le transit et la digestion : la flore aide à terminer la digestion de certains aliments. Elle permet en effet de dégrader, de fragmenter et de fermenter les substrats et les résidus alimentaires (dont certaines fibres végétales). Grâce à plusieurs enzymes, elle facilite également l’assimilation des nutriments et régule l’absorption des acides gras, du calcium, du magnésium… Elle est enfin impliquée dans la synthèse de certaines vitamines (vitamine K, B12 et B8) ;

• la défense de l’organisme : l’intestin abrite 80 % des cellules immunitaires de l’organisme. Faisant partie du système immunitaire intestinal, la flore fait office de véritable barrière contre les agressions extérieures et les agents pathogènes. Elle empêche les mauvaises bactéries de se multiplier et d’entrer en contact avec la paroi des intestins. Elle permet aussi de limiter l’éventuel développement d’une infection, et de stimuler le système immunitaire.

Constitué d’environ 200 millions de neurones interconnectés, l’intestin est parfois présenté comme un deuxième cerveau. Et il existe bel et bien une relation entre le cerveau, les intestins et le microbiote intestinal. L’intestin reçoit régulièrement plusieurs types d’informations (faim, émotions, fatigue…) : après les avoir traitées, il envoie des « réponses » adaptées (tout comme le cerveau).

Ces réponses sont transmises par voie nerveuse, mais aussi par voie sanguine (avec la production d’hormones, par exemple). Outre son implication dans la régulation du comportement alimentaire, des études récentes indiquent également que le microbiote pourrait jouer un rôle dans la régulation de l’humeur et de la réponse au stress.

La dysbiose, un déséquilibre à éviter

La composition de notre flore intestinale évolue tout au long de notre vie, selon l’environnement dans lequel nous vivons, notre alimentation et les médicaments que nous prenons. Et il arrive parfois qu’elle soit fragilisée : les bactéries sont peu nombreuses, ou peu diversifiées (notamment suite à un long traitement antibiotique). Or, si le microbiote est déséquilibré, cela peut avoir des impacts sur notre santé.

Ce déséquilibre (ou « dysbiose ») peut en effet être à l’origine de plusieurs complications : une réaction immunitaire inappropriée, un trouble fonctionnel ou métabolique, une pathologie chronique… Il existe par exemple un lien entre la perte de diversité dans le microbiote intestinal et la survenue de certaines MICI - maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique, syndrome de l’intestin irritable…). Sur le long terme, un dérèglement de la flore intestinale peut aussi augmenter le risque de souffrir de diabète, de surpoids et d’obésité, ou d’un cancer colorectal (avec le développement d’une tumeur au niveau du côlon). Ce déséquilibre pourrait également être responsable de certains troubles neurologiques ou psychiatriques (maladies de Parkinson et d’Alzheimer, autisme, dépression, schizophrénie, bipolarité…).

Certains symptômes doivent alerter sur la qualité et la composition de la flore intestinale (maux de ventre chroniques, ballonnements, constipation ou diarrhées). En cas de doutes, le médecin a recours à un examen clinique complet, et peut demander une analyse complémentaire du microbiote intestinal (une coproculture pour examiner la flore dans les selles, ou une endoscopie digestive pour analyser la flore intestinale). La mesure de certains marqueurs biologiques est parfois effectuée (leur présence peut confirmer l’existence d’une maladie inflammatoire chronique de l’intestin).

Comment préserver sa flore ?

Pour prendre soin de son microbiote intestinal et rester en bonne santé, il est d’abord indispensable d’adopter une alimentation saine et équilibrée. La prise d’antibiotiques doit également être limitée. Et si la flore est déséquilibrée, il est aussi possible de la restaurer.

Opter pour une alimentation saine, variée et équilibrée

Certains aliments sont particulièrement efficaces pour préserver son microbiote intestinal : les légumes crucifères, les légumes de couleur verte et les aliments riches en inuline (l’ail, l’oignon, l’échalote ou le poireau). Trop riches en sucres ou en graisses saturées, les aliments transformés entraînent quant à eux une diminution de la diversité bactérienne, et un déséquilibre de la flore.

Pour conserver un bon transit et un microbiote équilibré, il est surtout recommandé de consommer des aliments riches en fibres. Aussi connues sous le nom de « prébiotiques », les fibres solubles permettent de nourrir et d’entretenir les bonnes bactéries de la flore intestinale. On les retrouve dans tous les fruits et les légumes, dans les légumineuses (lentilles, haricots secs…), dans les céréales complètes (pain complet, riz complet, pâtes complètes), dans les fruits à coque (amandes, noix, noisettes…) et dans les fruits secs.

Bon à savoir : les fibres pouvant provoquer des ballonnements, il est conseillé de consommer plutôt des fruits et des légumes cuits. Très fermentescibles, certains aliments prébiotiques sont aussi très difficiles à digérer : vous pouvez alors opter pour des prébiotiques sous forme de compléments alimentaires. Pour en savoir plus, demandez conseil à votre pharmacien.

Limiter les antibiotiques

Les antibiotiques font partie des principales causes de déséquilibre de la flore intestinale (de manière générale, 70 % des médicaments entraînent une modification temporaire du microbiote). En effet, s’ils permettent d'éliminer les mauvaises bactéries, les traitements antibiotiques détruisent également les bonnes. Et plus ils sont pris sur une période longue, et / ou de manière répétée, plus ils perturbent la composition et le fonctionnement du microbiote intestinal.

Pour conserver une flore équilibrée, il faut donc éviter de prendre des antibiotiques de manière systématique (toujours prescrits par un médecin, ils sont réservés au traitement de certaines infections bactériennes). Il faut également éviter de donner des antibiotiques aux tout-petits, pendant la phase de diversification alimentaire : cela pourrait en effet perturber durablement leur équilibre intestinal.

Reconstituer son microbiote

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, qui jouent un rôle important dans la digestion et l’absorption des nutriments. En plus de renforcer les défenses immunitaires, ces bonnes bactéries permettent aussi d’éviter les ballonnements, les flatulences et la constipation. Si les plus connus sont la levure de bière et les ferments lactiques (dans les yaourts), on retrouve aussi des probiotiques dans certains aliments fermentés (kéfir, miso) et dans la choucroute.

Pour aider à restaurer sa flore, il est aussi possible de prendre des probiotiques sous forme de compléments alimentaires. Disponibles en pharmacie, ils sont principalement composés de bactéries de la famille des Lactobacillus ou des Bifidobacteria (ils contiennent souvent deux ou trois souches, pour offrir différents bénéfices). Pour en savoir plus sur les probiotiques, n’hésitez pas à interroger votre pharmacien.

Le saviez-vous ? Lorsqu’il naît par voie basse, le microbiote intestinal du nouveau-né se rapproche du microbiote du vagin de sa mère, ce qui favorise un bon équilibre futur de sa flore intestinale. Mais s’il naît par césarienne, son microbiote se rapproche de celui de la peau de sa mère, et cela peut créer des dysbioses.

Sources :

https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/

https://www.frm.org/recherches-autres-maladies/microbiote-intestinal